Molecular Identification and Phylogenetic Relationship of Some Plant Species In Ashdagh Mountain, Sangaw, Kurdistan Of Iraq
DOI:
https://doi.org/10.25007/ajnu.v11n4a1194الكلمات المفتاحية:
Phylogenetic، DNA barcoding، ITS، Chara، Kurdistanالملخص
Phylogenetic and molecular perspective of plant identification can reveal the plant composition of areas. Many new species have been identified based on morphological characters in different area of Kurdistan, but few have been identified through DNA barcoding method. In this study, Internal transcribed spacers 1 and 2 (ITS1 and ITS2) were used to identify some species in Ashdagh Mountain. The identified taxa were belonged to different families and clades and not recorded in any studies. The nucleotide sequences of identified species were 98-100% identical with species in the genebank database. The phylogenetic analysis showed diversity in phylogenetic relationships among coexisting species. In addition, the existing of Chara sp. in the acidic stream of Awa spi is a new record and not observed before. The finding of this study show the importance of using molecular and phylogenetic technique to identify and understand phylogenetic relationship among coexisting species because Kurdistan is a hot spot and need more emphasis. In addition, new species occurrence data has been added to flora of Kurdistan.
التنزيلات
المراجع
Abdulrahman, Shamiran, S., & S. E, S. (2020). Prunus longispinosa (Rosaceae): a new species from Kurdistan, Iraq. Pakistan Journal of Botany, 52.
Almerekova, S., Shchegoleva, N., Abugalieva, S., & Turuspekov, Y. (2020). The molecular taxonomy of three endemic Central Asian species of Ranunculus(Ranunculaceae). PLOS ONE, 15(10), e0240121. doi: 10.1371/journal.pone.0240121
Álvarez, I., & Wendel, J. F. (2003). Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference. Molecular Phylogenetics and Evolution, 29(3), 417-434. doi: https://doi.org/10.1016/S1055-7903(03)00208-2
Cheng, T., Xu, C., Lei, L., Li, C., Zhang, Y., & Zhou, S. (2015). Barcoding the kingdom Plantae: New PCR primers for ITS regions of plants with improved universality and specificity. Molecular ecology resources. doi: 10.1111/1755-0998.12438
Folk, R. A., Siniscalchi, C. M., & Soltis, D. E. (2020). Angiosperms at the edge: Extremity, diversity, and phylogeny. Plant, Cell & Environment, 43(12), 2871-2893. doi: https://doi.org/10.1111/pce.13887
Folk, R. A., Sun, M., Soltis, P. S., Smith, S. A., Soltis, D. E., & Guralnick, R. P. (2018). Challenges of comprehensive taxon sampling in comparative biology: Wrestling with rosids. American Journal of Botany, 105(3), 433-445. doi: https://doi.org/10.1002/ajb2.1059
Hall, T. A. (1999). BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95-98.
Hebert, P. D. N., Cywinska, A., Ball, S. L., & deWaard, J. R. (2003). Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270(1512), 313-321. doi: 10.1098/rspb.2002.2218
Kharajiany, S. (2013). The Middle Oligocene Rock Strata (Tarjil Formation) in Ashdagh Mountain, Sangaw District, Sulaimani Governorate, Kurdistan Region , NE Iraq. Journal of Zankoy Sulaimani - Part A, 15, 119-132. doi: 10.17656/jzs.10262
Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., & Tamura, K. (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Molecular Biology and Evolution, 35, 1547-1549.
Li, X., Yang, Y., Henry, R. J., Rossetto, M., Wang, Y., & Chen, S. (2015). Plant DNA barcoding: from gene to genome. Biological Reviews, 90(1), 157-166. doi: https://doi.org/10.1111/brv.12104
Nilsson, R. H., Kristiansson, E., Ryberg, M., Hallenberg, N., & Larsson, K.-H. (2008). Intraspecific ITS variability in the kingdom fungi as expressed in the international sequence databases and its implications for molecular species identification. Evolutionary bioinformatics online, 4, 193-201. doi: 10.4137/ebo.s653
Qin, Y., Li, M., Cao, Y., Gao, Y., & Zhang, W. (2017). Molecular thresholds of ITS2 and their implications for molecular evolution and species identification in seed plants. Scientific Reports, 7(1), 17316. doi: 10.1038/s41598-017-17695-2
Ray, S. (2014). Molecular Markers in Phylogenetic Studies-A Review. Journal of Phylogenetics & Evolutionary Biology, 02. doi: 10.4172/2329-9002.1000131
Sakar, Y. H., & Saman, A. A. (2020). Euphorbia shehbaziana (Euphorbiaceae), a New Species from Kurdistan Iraq. Harvard Papers in Botany, 25(1), 73-74. doi: 10.3100/hpib.v25iss1.2020.n9
Saman, A. A. (2013). Ferula Shehbaziana (Apiaceae), A New Species from Kurdistan, Iraq. Harvard Papers in Botany, 18(2), 99-100. doi: 10.3100/025.018.0202
Saman, A. A. (2014). Onosma hawramanensis (Boraginaceae), a New Species from Kurdistan, Iraq. Harvard Papers in Botany, 19(2), 201-202. doi: 10.3100/hpib.v19iss2.2014.n6
Saman, A. A. (2016a). Salvia ali-askaryi (Lamiaceae), a New Species from Kurdistan, Iraq. Harvard Papers in Botany, 21(2), 227-229. doi: 10.3100/hpib.v21iss2.2016.n7
Saman, A. A. (2016b). Scrophularia kollakii (Scrophulariaceae), a New Species from Kurdistan, Iraq. Harvard Papers in Botany, 21(1), 93-95. doi: 10.3100/hpib.v21iss1.2016.n7
Saman, A. A. (2017). Silene shehbazii (Caryophyllaceae), a New Species from Kurdistan, Iraq. Novon: A Journal for Botanical Nomenclature, 25(2), 131-133. doi: 10.3417/2016009
Saman, A. A. (2019). Echinops Shakrokii (Asteraceae), a New Species from Kurdistan, Iraq. Harvard Papers in Botany, 24(2), 71-73. doi: 10.3100/hpib.v24iss2.2019.n1
Saman, A. A., Azad, R., & Farideh, A. (2017). Cousinia azmarensis (Asteraceae, Cardueae), a New Species from Kurdistan, Iraq. Harvard Papers in Botany, 22(1), 71-73. doi: 10.3100/hpib.v22iss1.2017.n8
Saman R., A., Mohammad K., M., Hasan H., A., Azhar A., A.-M., & M. S., A.-R. (2013). Fauna and flora of Hawraman mountain (part one) Hawraman lowest zone, Kurdistan province north east of Iraq. Bulletin of the Iraq Natural Histroy Museum, 12(4).
Sami, Y., Ali, G., Ahmed, M., Honar, M., & Errol, V. (2019). Wild orchids of the Kurdistan Region areas: a scientific window on the unexpected nature of the North-Western Zagros.
Yao, H., Song, J., Liu, C., Luo, K., Han, J., Li, Y., . . . Chen, S. (2010). Use of ITS2 Region as the Universal DNA Barcode for Plants and Animals. PLOS ONE, 5(10), e13102. doi: 10.1371/journal.pone.0013102
التنزيلات
منشور
كيفية الاقتباس
إصدار
القسم
الرخصة
الحقوق الفكرية (c) 2022 المجلة الأكاديمية لجامعة نوروز
![Creative Commons License](http://i.creativecommons.org/l/by-nc-nd/4.0/88x31.png)
هذا العمل مرخص بموجب Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
بيان الحقوق الفكرية
حقوق التأليف
يوافق المؤلفون الذين ينشرون في هذه المجلة على المصطلحات التالية:
١. يحتفظ المؤلفون بحقوق الطبع والنشر ومنح حق المجلة في النشر الأول مع العمل المرخص له في نفس الوقت بموجب ترخيص المشاع الإبداعي [سيسي بي-نك-ند 4.0] الذي يسمح للآخرين بمشاركة العمل مع الإقرار بحقوق التأليف والنشر الأولي في هذه المجلة.
٢. يمكن للمؤلفين الدخول في ترتيبات تعاقدية إضافية منفصلة للتوزيع غير الحصري للنسخة المنشورة من المجلة من العمل (على سبيل المثال، نشرها في مستودع مؤسسي أو نشرها في كتاب) مع الإقرار بنسخة أولية نشر في هذه المجلة.
٣. يسمح للمؤلفين وتشجيعهم على نشر عملهم عبر الإنترنت (على سبيل المثال، في المستودعات المؤسسية أو على موقعهم على الويب) قبل وأثناء عملية التقديم، حيث يمكن أن يؤدي إلى التبادلات الإنتاجية، فضلا عن الاستشهاد المبكر والأكبر للعمل المنشورة ( انظر تأثير النفاذ المفتوح).
نقل حقوق الطبع والنشر
بيان الخصوصية
المجلة الأكاديمية لجامعة نوروز ملتزمة بحماية خصوصية مستخدمي موقع المجلة هذا. سيتم استخدام الأسماء والتفاصيل الشخصية وعناوين البريد الإلكتروني التي تم إدخالها في هذا الموقع الإلكتروني فقط للأغراض المعلنة لهذه المجلة ولن يتم إتاحتها لأطراف ثالثة بدون إذن المستخدم أو الإجراءات القانونية الواجبة. موافقة المستخدمين مطلوبة لتلقي الاتصالات من المجلة الأكاديمية لجامعة نوروز للأغراض المعلنة للمجلة. ويمكن توجيه الاستفسارات المتعلقة بالخصوص إلى [email protected]